Il Museo permette di compiere un viaggio nella diversità vegetale del Parco e costituisce un'iniziativa del tutto originale, una delle poche del suo genere in Italia e in Europa. Realizzato in un locale sotterraneo del convento di San Colombo, il museo è stato concepito con il fine di illustrare, in maniera semplice ma rigorosa, la grande ricchezza e diversità delle piante che crescono nel territorio del Parco, i fattori e le cause che l'hanno determinata, nonché l'importanza di conservare e salvaguardare questo immenso patrimonio biologico. Il visitatore compie un vero e proprio "viaggio virtuale" nei diversi ecosistemi e nei paesaggi vegetali dell'area protetta, scoprendo la straordinaria biodiversità di un territorio che si colloca tra le zone di maggior interesse naturalistico in Europa e nel Mediterraneo. La visita al museo risulta divertente e stimolante, grazie anche all'uso di immagini, filmati, animazioni e al materiale di origine vegetale esposto che può essere toccato e manipolato. La struttura ben si presta alla fruizione da parte degli studenti e degli insegnanti di tutte le scuole e delle stesse università. La visita al museo può essere completata ed integrata con quella all'attiguo Centro Ricerche Floristiche dell'Appennino con il suo grande erbario e carpoteca e, tra breve, anche con la visita al giardino botanico e al relativo vivaio. Un sentiero permette di inoltrarsi nell'antica selva dei frati che circonda il convento, uno degli esempi meglio conservati di querceto nell'Italia centrale.